El cuarzo se forma primariamente durante la cristalización lenta de los magmas terminales muy ácidos, los que quedan de forma residual cuando durante el ascenso se van segregando en regiones profundas los silicatos ferromagnésicos, oscuros. Como resultado, el cuarzo es uno de los minerales que caracterizan la composición de las rocas magmáticas plutónicas que forman el zócalo o basamento de los continentes, especialmente el granito. El cuarzo es el último de los minerales en solidificarse durante la formación de estas rocas, así que su forma se adapta a la de los cristales preexistentes de los otros componentes, y sus caras no reflejan su estructura cristalina.
El cuarzo es químicamente muy inerte y resiste a la meteorización química que provoca la intemperie, a la vez que sus granos son muy duros y difícil de erosionar en su superficie. Por efecto de estos factores el cuarzo del granito permanece entero, mientras los otros minerales (micas y feldespatos) evolucionan a arcillas a la vez que se disgregan. Los productos de la alteración de éstos son los minerales arcillosos tan importantes en la cobertera sedimentaria, mientras que los granos de cuarzo son los que forman la mayor parte de las arenas.